Parti ini didirikan pada tahun 2001 hasil perubahan beransur daripada Pertubuhan Parti Hijau Negeri-Negeri (Association of State Green Parties, ASGP) yang dibentuk pada tahun 1996.[8] Ia segera menjadi organisasi hijau peringkat kebangsaan utama di Amerika Syarikat, mengalahkan Greens/Green Party USA (G/GPUSA), yang dibentuk pada 1991 dan berawal dari Komite Koresponden Hijau (CoC), sebuah perkumpulan kelompok-kelompok hijau setempat yang aktif sejak tahun 1984.[9] ASGP semakin menjauhkan diri dari G/GPUSA pada akhir 1990-an.[10]

Partai Hijau mendapat perhatian yang meluas berikutan pilihan raya presiden tahun 2000 ketika calon wakil mereka, Ralph Nader dan Winona LaDuke, meraih sebanyak 2.7 % undian se-Amerika. Kempen Nader dikritik oleh banyak banyak baik dari Parti Demokrat mahupun dari Parti Hijau sendiri atas tuduhan merosak pemerolehan undian yang memihak kepada Al Gore, calon Demokrat[11] - kesan hasil insiden ini masih penuh kontroversi.[12][13] GPUS telah memiliki beberapa anggota yang terpilih menjadi anggota dewan perundangan negerri-negeri tertentu, termasuk di California, Maine dan Arkansas.

Pada September 2017, calon bebas Ralph Chapman, anggota Dewan Perwakilan Maine, bertukar afiliasi politiknya kepada Parti Hijau.[14] Sejumlah anggota Partai Hijau di Amerika Syarikat turut memegang posisi di peringkat k, termasuk di dewan sekolah, dewan kota dan sebagai datuk bandar.